В 1962 году во время проведения работ по обустройству автостоянки церкви Св. Иоанна было найдено кладбище микенской эпохи. Среди находок были изделия, датируемые 1400 годом до н.э., которые на протяжении многих лет считались самыми древними находками Эфеса. Несмотря на многочисленные раскопки, руины города Микен обнаружить не удалось. Поэтому, исследователи пришли к выводу, что это кладбище принадлежит морякам, которые с целью торговли прибыли на эти берега. Однако, учитывая гипотезу о том, что Микены строили города вблизи берегов или на полуостровах, слабо связанных с берегами, исследователи не отказались от идеи поиска поселения Микен на возвышенности Аязулука, который в античное время имел идентичное расположение.
В 1990 году в ходе раскопок, проводимых археологами музея Эфес на южных склонах возвышенности, как всегда, исследователи надеялись найти архитектурные элементы позднего периода занесенные с Эфес, которые использовались для строительства базилики Св. Иоанна и крепости. Однако на этот раз они столкнулись с неожиданными находками, а именно руинами доисторического Эфеса, поиск которых производился время от времени, по которые так и не могли обнаружить. Это была последняя находка, связанная с раскопками Эфеса, начавшихся в 1860-х годах. Эта находка была сродни находке храма Артемиды и извлечения из-под земли различных статуй Артемиды. Доисторические находки на склонах возвышенности Аязулука, датируются 3 тысячелетием до нашей эры. Этот исторический промежуток включает в себя и период хеттов. В таком случае, могло ли быть это место столицей Апаса, которая указана в письменных источниках хеттов? Лингвисты утверждают, что слова Эфес, Ephesos являются однокоренным и производным словом Апаса (Apasa). Схожесть найденной глиняной посуды с посудой хеттов, стало важным доказательством, что это место является Апаса.
Сегодня, среди выставляемых в музее Эфеса экспонатов доисторических времен, самыми древними являются каменные топоры, наконечники для стрел и серпы из обсидиана, посуда из жженой глины, изготовленная с использованием гончарного круга. Часть находок была обнаружена во время раскопок кургана Чукуричи, который расположен в 400 метрах восточнее от Магнезианских ворот Эфеса. В 1994 году археологи музея случайно обнаружили еще один курган в Чукурии и в результате двухлетних работ по проведению зондирования, установили, что история кургана уходит в 5 век до нашей эры. В 5 веке до нашей эры, то есть в эпоху неолита, географическое расположение Эфеса было совершенно иным. Так территория нынешнего района Сельджук находилась под водой и море, пролегая через долину Кучук Мендерес (Кайстрос), длилось вглубь территории. Курган Чукуричи находился на берегу моря, а возвышенность Азаулук была островом. Аллювии, на протяжении тысяч лет намываемые рекой Кючук Мендерес и речкой Марнас, стали причиной отхода моря на 6 км. В настоящее время еще рано говорить о доисторическом периоде Эфеса. Однако, с точи зрения цивилизации и изготовленной в то время посуды и различной утвари, можно сказать, что они были тесно связаны с находками кургана.
По Геродоту, Эфес был создан в первом тысячелетии колонистами, прибывшими с запада. Согласно легенде, афинский правитель Кодро, перед началом войны с сопредельными городами, обратился к оракулу с вопросом, кто победит в этой войне. Оракул заявил, что победит войско того правителя, который умрет раньше. Тогда, афинский правитель Кодро, специально идет в руки вражеских воинов и погибает, в результате чего, его войско одерживает победу. Однако после его смерти возникает борьба за престолонаследие между сыновьями. Один из сыновей по имени Андрокол решает переселиться, чтобы создать новый город. Андрокол, как и его отец, обращается к оракулу, который в стихотворной форме сказал, что мест для нового города ему должны указать рыба и дикий кабан. Так и не поняв слова оракула, Андрокл отправился на поиски «знаков» вдоль берега Эгейского моря и высадился на берегу прекрасной бухты. Когда они стали жарить пойманную рыбу, от искры, которая вылетела из костра, загорелся куст, из которого выскочил потревоженный кабан. Андрокол сел на коня, догнал дикого кабана и заколол его. Вспомнив слова оракула, он решает заложить здесь новый город.
Этим местом считается небольшой холм, напротив античного стадиона. Во время раскопок холма, никаких находок того периода обнаружить не смогли. По Геродоту, до прихода Кодро, в Эфесе жили карйцы и лелегы, которые гордились тем, что являются самыми древними народами Анатолии.
В 7 веке до нашей эры, Эфес подвергается нападению киммерийцев. Известно, что киммерийцы разрушили часть города и храм Артемиды. Во время раскопок в торговой агоре, на глубине 5-6 метров были обнаружены фундаменты домов, датируемых 8-5 веком до нашей эры. Таким образом, можно предположить, что это место является руинами разрушенного киммерийцами города.
В 6 веке до нашей эры. Эфес и ионийские города, находились на высшей точке развития науки и искусства. В этот период здесь проживали такие заметные люди как эфесский поэт Каллин, сатирик Гиппонакс, философ Гераклит. Слава Эфеса была распространена по всему античному миру. Поэтому лидийский царь Крезом и обратил свои взоры на этот город. Эфессцы настолько верили свой богине Артемиде, что когда мощное войско Крезома прибыло в Эфес, то он не увидел здесь никаких мер безопасности, за исключением веревки, протянутой между храмом и городом. Они верили, что Богиня не позволит завоевателям перейти линию натянутой веревки. Лидийская армия беспрепятственно вошла в город. Однако, вопреки ожиданиям Крезом не стал разрушать юрод а наоборот вкладывал средства в новый огромный храм Артемиды. В Британском музее находятся колонны главного фасада этого храма, украшенные рельефами и несущие памятные надписи Креза. На одной из колонн имеется следующая надпись: «Эту колонну построил царь Крез». Лидийцы правили городом тиранией. Несмотря на то, что эфессцам не нравилось правление тиранов ввиду чрезмерно высоких налогов, в их внутренние дела никто не вмешивался, и они продолжали свое развитие.
В городе и в частности во время раскопок храма Артемиды, было найдено множество изделий из золота, электрона (сплав золота с серебром) и слоновой кости, относящихся к лидийскому периоду.
Между тем, вся Анатолия находилась под опасностью вторжения персов с запада. Персидский царь Кир вступил в войну и взял в плен Креза. Креза приговорили к сожжению. На многих вазах того периода, имеются изображения Креза, восседающего на троне, находящеюся на груде дров. Известно, что перед казнью он трижды воскликнул «Ах, Солон!». Услышав имя легендарного афинского мудреца, Кир потребовал объяснений. Крез поведал ему следующий рассказ: «Когда моя страна была очень богата и находилась на пике своего развития, я пригласил философа Солона в свой дворец в Саредесе и показав ему все свои сокровища спросил, если на свете человек счастливее меня? Солон ответил, что не может ответить на этот вопрос, не увидев мою смерть. Теперь, перед сожжением, я убедился в том, насколько был прав Солон». Услышав этот рассказ, Кир проявил милость, назначив недавнего врага своим советником.
В 1546 году до н.э., армия Кира, захватывает всю Ионию. Персы, как всегда не вмешивались во внутренние дела и религию ионийцев. Эфес, вместе с другими греческими городами Малой Азии стал частью Персидской империи. Персы, объединив Карию, Фамфилию и Ионию, создали Ионийский сатрапизм, которыми управляли сатрапы - наместники провинции в древней Персии. Эфес, как и другие города региона, выплачивал персам дань и в случае необходимости, предоставлял морские суда и воинов для персидской армии. Жестокое безжалостное правление персидских сатрапов, вызывало у жителей города теплые воспоминания о временах тирании. Такая же ситуация продолжалась и во времена правления Камбиса и Дария. В результате, ионийские города, объединившись, подняли восстание. Восставший народ прибыл в Эфес и вместе с эфессцами за три дня через долину Каистр дошли до Сардеса и сожгли все деревянные дома. Огонь перебросился и на храм Кибеле, уничтожив его дотла. Сожжение храма Кибела, в дальнейшем дало повод персам повод для уничтожения храмов в Греции. Ионийское восстание было завершено в 494 году до н.э. после поражения ионийского флота в битве перед Милетом, недалеко от острова Ладе. Вновь захватив восставшие города, на этот раз персы разграбили и сожгли их дотла.
Царь Александр Македонский, после объединения Македонии и Греции, двинулся через пролив Дарданеллы в Анатолию, для его освобождения от персов. Чтобы остановить Александра Македонского, Ионийский сатрап Спифридат, присоединяется к персидской армии, собравшейся у реки Граника (река Бига). Летописец Александра Арриан, назвал эту войну «Конной битвой». Во время битвы, когд Спифридат хотел нанести удар мечом по Александру, его поразил один из македонских воинов. Александр, победив персов, прибыл в Сардес, а затем, проделав четырехдневный путь добрался до Эфеса. В 334 году до н.э. Александр Македонский вошел в Эфес не встретив никакого сопротивления. Античный историк Страбон пишет, что Александр Македонский даровал эфессцам свободу. Молодой полководец, предложил эфессцам покрыть все прошлые, настоящие и будущие расходы, связанные с храмом Артемиды, который был сожжен неким Геростратом в день его рождения. Однако отцы города вежливо отказались от этого предложения, мотивировав тем, что не подобает богу (Александр Македонский считался полубогом), возводить храмы другим богам.
После смерти Александра Македонского, для Эфеса начинаются трудные времена. Город несколько раз переходил то одному, то к другому полководцу Александра. В 287 году до н.э. город переходит под управление Лисимаха. В 299 году до н.э. Лисимах в личных целях женится на дочери Египетского фараона Птолемея Арсинои. Он начал заново строить Эфес, расположенный между горами Пион и Корресос. Город был отстроен по гипподамной системе планировки (квадратный план), обнесен крепостными стенами и переименован в Арсиною. Однако новое название города так и не прижилось среди населения, которое как всегда продолжало называть его Эфесом. Лисимах потребовал от жителей районов прилегающих к храму Артемиды, переехать в новый город. Население, естественно отказалось от переезда. Тогда Лисимах перекрыл все водные каналы города с целью вынудить население к переезду. Арсиноя, будучи амбициозной женщиной, начала переживать за то, что сын Лисимаха от его первой жены Агафокл, может в дальнейшем стать правителем этого города. Чтобы предотвратить подобное развитие событий, она стала утверждать, что Агафокл собирается убить своего отца. Лисимах, поверив словам жены, убил своего сына. Боясь смерти, первая жена и некоторые полководцы Лисимаха перебежали на сторону Селеука и начали агитировать его против Лисимаха. Селеук принимает решение напасть на земли Лисимаха. Две армии вступили в битву в долине Курупедион, которая расположена восточнее от современного города Маниса. Пожилой Лисимах погибает в этой битве, и начиная с 281 года до н.э. страна переходит в руки Селевкидов.
Во времена Антиоха Великого. Эфес переходит под управление египетского фараона Птолемея. В 196 году до н.э. при Антиохе III, Селевкиды вновь захватывает Эфес. В 188 году до н.э., после заключения мирного договора, город перешел под власть пергамского царя. В 133 году до н.э., в соответствии с завещанием пергамского царя, город перешел римскому государству.
Римляне объединили Памфилию и Ионию и создали зиатскую провинцию. При Августе, город стал фактически столицей римской провинции Азии, занимавшей западную половину Малой Азии. Таким образом. Эфес стал первой и самой большой метрополией Азии, важнейшим торговым центром, где постоянно восседал наместник римского императора. В 27 году до н.э., начались реформы в римских провинциях в результате которого, в качестве наместника императора в Азию стали отправлять только лиц, которые были консулами. Наряду с Африканской провинцией, Азиатская провинция стала самой большой провинцией сената. Должность руководителя провинции была самой высокой должностью в карьере сената. Сроки между должностью проконсула и консула возросли с 5-10 лет до 15 лет. Если учесть, что сенаторы становились консулами в 40 лет, то можно с легкостью предположить, что возраст правителей Азии, восседавших в Эфесе, был приблизительно 50-55 лет. Учитывая, что срок правителя провинции ограничивался 1 годом, можно уверенно утверждать, что за этот период в Эфесе правили сотни людей. Среди правителей города были Антоний Пиус и Пупиен, которые в дальнейшем стали императорами.
В 1 веке н.э. в Эфесе исповедовали древние анатолийские, греческие и римские религии. Иудеи жили вместе народами, которые верили египетским богам. Вновь появившееся христианство пыталось утвердиться в Иерусалиме. После смерти Иисуса, в 37-42 года нашей эры, его апостолы были изгнаны из Иерусалима. Апостол Павел, в 53 году прибыл в Эфес. Здесь он пробыл три года, и занимаясь миссионерской деятельностью, создал церковь. Как сказано в Библии, апостолу Павлу помогал верующий Тимофей. В этот период, в Эфесе начинает стремительно распространяться христианство. Некоторым это не понравилось. Серебряных дел мастер Деметрий, продававший свои изделия паломникам, опасаясь за свою торговлю, поднял бунт против христианской миссии апостола Павла. Собрав сотни своих единомышленников в театре, они начали выкрикивать лозунги «Храм Артемиды в Эфесе является великим!». В результате апостол Павел был вынужден покинуть город. Описывая события 37-42 годов нашей эры, писарь апостола Павла Лука в своей книге «Деяния апостолов» не упоминает о Св. Иоанне, который в этот период находился вместе с Девой Марией в Эфесе. В 64 году, после убийства Св. Павла путем отрезания головы, за пределами стен Римской крепости, несмотря на преклонный возраст, Эфесскую церковь возглавляет Св. Иоанн, который писал в Эфесе Библию. Св, Иоанн умер здесь же и похоронен на южном склоне возвышенности Аязулука. В 4 веке над могилой Св. Иоанна была построена небольшая базилика, а в 6 веке была воздвигнута большая церковь, которая сохранилась по настоящий день.
Для христианства Эфес является важнейшим городом, так как здесь жили Св. Иоанн, Св. Павел и Дева Мария. Первая церковь Девы Марии также была построена именно здесь. С утверждением христианства как государственной религии, эта церковь преобразилось в храм, где в 431 году собирался 3-й Вселенский собор.
С 4 века нашей эры, Эфес начинает стремительно регрессировать. Все попытки заполнения и очистки порта не принесли успеха, в результате чего уменьшилась торговля. Следует также учесть неспособность центрального византийского управления в Стамбуле в 7-8 веках, когда со стороны суши город подвергался нападению разбойников, а со стороны моря, арабскому нашествию. Для выхода из сложившегося положения, были начаты работы по сокращению и повторному возведению крепостных стен Эфеса. Но и эти меры не оправдали ожидания. В результате было принято решение об укреплении крепости на холме Азулук. Вокруг церкви Св. Иоанна возвели крепостные стены, создав таким образом наружную крепость.
Войска халифа Сулеймана, провели зиму 716 года в Эфесе. В 10-11 веках, уже совер¬шенно не осталось население города. Город на холме Аязулук с незначительным количеством населения, переименовывается в Агиос Теологос.
Когда турки прибыли в регион (1304), то им взорам предстал небольшое поселение, ничем не напоминающее предыдущее величие города. Через некоторое время, после установления правления Бейлика Айдыногул лары, название города с Агиос Теологос, было переименовано в Аязулук. В 14 веке путешественник Ибни Батута, упоминает об Аязулуке, как о самом лучшем запланированном городе на западе. Действительно, в этот период Аязулук выстраивается повторно. В городе появляется огромное количество мечетей, хамамов (баня) и приютов. Христиан представляли епископы. В городе имелись консульства Венеции и Генуи. Турки, создав здесь верфь, строили морские суда, занимались торговлей. Затем, Аязулук уступил всю торговую и культурную деятельность городу Измиру. В 19 веке, Эфес невозможно было даже назвать селом. Станция Аязулук, построенная в это время, начинает предоставлять услуги селу Шириндже, куда переселилось часть населения. В настоящее время, когда стали известны культурные ценности Эфеса и началось развитие туризма, местность, под нынешним названием Сельджук, вновь стала стремительно развиваться.